お仕事でQuartusを使っていたのですが、合成/配置配線中のCPUの使用率がMAX50%でDual Coreの半分しか使っていないように見えます。
そんな場合は、オプションでmulti processorを有効にしましょう。
Assignments->Settingから、Compilation Process Settingを選び、Use all available processorsにチェックを入れましょう。これで、CPUの使用率は100%まで行くようになりました。私の場合は体感速度はそれほど変わらなかったのですが、デザインによっては速度の向上が見込めます。
一度設定してしまうと、次からはデフォルトの Use global parallel compilation setting のままでも複数のcoreを使ってくれます。詳細は分かりませんが、QuartusII のバージョンによっても細かい違いがあるかもしれません。